Về tài nguyên đất : Vạn Thọ có diện tích đất tự nhiên là 2.176,19 ha. Theo kết quả điều tra bổ sung, chỉnh lý bản đồ đất toàn tỉnh Khánh Hoà 1:100.000 và kết hợp với điều tra dã ngoại bổ sung, xác định được trên địa bàn toàn xã có một số loại đất sau:

* Nhóm đất cát (C): 

+ Đất cát và cồn cát (C) với diện tích 932,35 ha, chiếm 43,72% diện tích tự nhiên phân bố khu vực ở khu vực từ đèo Cổ Mã đến giáp xã Vạn Thạnh.

* Nhóm đất mặn (M): 

+ Đất mặn sú vẹt (M) với diện tích 105,92 ha, chiếm 4,97% diện tích tự nhiên, phân bố ở khu vực phía Tây Nam khu vực thôn Ninh Mã.

* Nhóm đất phù sa (P): 

+ Đất phù sa không được bồi chua (Pc) với diện tích 23,76 ha, chiếm 1,11% diện tích tự nhiên toàn xã, phân bố từ khu vực Tây Nam giáp xã Vạn Phước. Đất này thích hợp với nhiều loại cây trồng khác nhau như các loại đậu đỗ, mía, bắp, lúa nước, dưa hấu, khoai lang, các loại rau, các loại cây ăn trái...

* Nhóm đất đỏ vàng (F):

+ Đất đỏ vàng trên đá macma axit (Fa): chiếm phần lớn diện tích toàn xã là 788,59 ha, chiếm 36,98% diện tích tự nhiên. Phân bố chủ yếu ở khu vực núi phía Bắc của xã. Đất này có nhiều hạn chế đối với phát triển nông nghiệp, hướng sử dụng của loại đất này chủ yếu phát triển lâm nghiệp hoặc nông - lâm kết hợp.

* Nhóm đất xám (X):

+ Đất xám trên đá macma axit (Xa): có diện tích khoảng 265,98 ha, chiếm 12,47% diện tích tự nhiên. Phân bố chạy dọc theo tuyến Quốc lộ 1. Đất có độ phì nhiêu không cao, đất chua. Mức độ thích hợp với các loại cây hàng năm và cây lâu năm không cao. Điều kiện đầu tư thâm canh ít thuận lợi như đất dốc. Đây là loại đất có nhiều hạn chế cho sử dụng vào đối tượng nông nghiệp. Cần tăng độ che phủ đất chống xói mòn, rửa trôi đất.

* Đất sông suối và mặt nước (SON): Chiếm diện tích 15,74 ha.

Về tài nguyên biển: Vạn Thọ có có 11 km bờ biển giáp Biển Đông, 09 km bờ biển  dọc  theo Vịnh Vân Phong, đây là xã có thế mạnh về tài nguyên biển. Nguồn tài nguyên này không chỉ phục vụ cho việc khai thác, nuôi trồng thuỷ sản  mà còn dùng để khai thác cho giao thông đi lại, du lịch, dịch vụ thương mại, là điều kiện thuận lợi phát triển du lịch biển bền vững

Từ việc khai thác các thế mạnh từ nguồn tài nguyên này, hàng năm đã đưa lại cho người dân địa phương một khoản thu nhập lớn trong lĩnh vực nuôi trồng và đánh bắt thuỷ hải sản. Tài nguyên biển góp phần lớn tạo công ăn việc làm cho người dân địa phương đồng thời tăng thu nhập cho kinh tế hộ gia đình.

Về tài nguyên rừng

Theo kết quả kiểm kê hiện trạng sử dụng đất thì tổng diện rừng trên địa bàn xã là 279,24 ha, trong đó diện tích đất rừng sản xuất là 276,5 ha, đất rừng phòng hộ 2,74 ha phân bố chủ yếu khu vực phía Bắc của xã. Phần diện tích đất rừng sản sản xuất chủ yếu là diện tích đất trồng rừng với các loại cây chính là keo và bạch đàn; diện tích rừng trên mới được trồng nên trữ lượng gỗ còn thấp. Diện tích còn lại là rừng tự nhiên.

   Về tài nguyên khoáng sản

Xã Vạn Thọ có một số loại khoáng sản và nguyên vật liệu xây dựng như đá xây dựng ,cát xây dựng có chất lượng tương đối tốt, nhưng phần lớn có quy mô nhỏ, trữ lượng không lớn. Một số núi đá có thể khai thác để làm nguyên vật liệu xây dựng, làm đường và làm nguyên liệu cho nhà máy chế biến xi măng. Địa bàn xã Vạn Thọ có các nguồn nguyên vật liệu sau:Khu vực khai thác đá nằm tiếp giáp với xã Vạn Phước, khai thác cát nằm ở khu vực thôn Tuần Lễ.