1. Vị trí địa lý
Xã Vạn Thọ là xã đồng bằng, nằm phía Bắc huyện Vạn Ninh, cách trung tâm huyện (thị trấn Vạn Giã) 18km, cách trung tâm thành phố Nha Trang 75km; có ranh giới tiếp giáp như sau:
- Phía Đông giáp biển Đông (Vịnh Vân Phong).
- Phía Tây giáp xã Vạn Phước;
- Phía Nam giáp xã Vạn Thạnh;
- Phía Bắc giáp xã Đại Lãnh;
Vạn Thọ nằm trong quy hoạch phát triển các khu kinh tế lớn của Tỉnh, của Vùng; Có rừng núi, đồi cát và biển. Có 4,8 km đường quốc lộ 1A và 04 km đướng sắt chạy qua 11 km bờ biển giáp Biển Đông, 09 km bờ biển  dọc  theo Vịnh Vân Phong về hướng Tây Nam. Với vị trí địa lý và hệ thống giao thông như vây, xã Vạn Thọ có nhiều điều kiện tự nhiên thuận lợi cho phát triển kinh tế, văn hóa xã hội, giao lưu hàng hóa với các địa phương khác trong vùng và phát triển du lịch.
2. Điều kiện tự nhiên
Diện tích tự nhiên của toàn xã là 2.176,19 ha ; Địa bàn xã có 3 Thôn: Thôn Cổ Mã, Thôn Ninh Mã, Thôn Tuần Lễ.
Dân số toàn xã  tính đến năm 2017 có 1136  hộ , 5038 nhân khẩu. Người dân trên địa bàn chủ yếu sống bằng nghề nông với 60% dân số, ngư nghiệp và buôn bán nhỏ chiếm 25%  dân số, còn lại sinh sống bằng các dịch vụ thương mại, tiểu thủ công nghiệp.
3.Địa hình
Vạn Thọ là xã nằm ở đoạn dãy trường Sơn lấn biển, từ núi Xá nối liền với núi Cổ Mã áp sát sát biển, nơi gần nhất đèo Cổ Mã khoảng vài chục mét.Địa hình của xã có núi cao và đồng bằng nhưng phân bố làm 3 vùng rõ rệt,khác nhau về điều kiện tự nhiên, đất đai thổ nhưỡng, dẫn đến điều kiện tự nhiên canh tác, sản xuất  và nghề nghiệp cũng khác nhau.
4. Khí hậu, thời tiết
Xã Vạn Thọ nằm trong vùng ven biển Nam Trung Bộ - chịu ảnh hưởng của vùng khí hậu nhiệt đới gió mùa. Theo phân vùng khí hậu tỉnh Khánh Hoà, xã Vạn Thọ nằm trong tiểu vùng khí hậu II (Vùng núi thấp và đồng bằng ven biển). Nhiệt độ trung bình khoảng 280C, vùng đồng bằng ven biển giáp tu Bông nên chịu ảnh hưởng khí hậu Đông Bắc, thuộc tiểu khí gậu khu vực Tu Bông (gió), nên bị ảnh hưởng gió mùa rất mạnh vào những tháng cuối hè thì có gió Lào khô nóng. Trong năm có mùa rõ rệt: Mùa khô bắt đầu từ tháng 01 đến tháng 7, mùa mưa bắt đầu từ tháng 8 đến tháng 12. 


* Nắng:  Số giờ nắng trung bình năm là : 2.500 giờ/năm.
* Mưa: Lượng mưa trung bình năm : 1.139 mm.
+ Lượng mưa tập trung chủ yếu vào 4 tháng : từ tháng 9-12 chiếm 70% lượng mưa cả năm.
+ Số ngày mưa trong mùa khoảng 47 ngày.
+ Mùa khô kéo dài từ tháng giêng đến tháng 7, lượng mưa trong mùa chiếm khoảng 29,6%.
* Độ ẩm không khí: Độ ẩm cao nhất trung bình (75-82%), các tháng có độ ẩm tuyệt đối thấp vào khoảng 36%.
- Thuận lợi: khí hậu nóng ẩm, mưa nhiều, tổng tích ôn nhiệt lớn...là những yếu tố thuận lợi cho sinh trưởng và phát triển của cây trồng vật nuôi (đặc biệt là cây trồng, vật nuôi nhiệt đới); là điều kiện thuận lợi của xã trong việc đa dạng hóa cây trồng, vật nuôi; nhiệt độ cao, tổng giờ nắng lớn thuận lợi cho việc phơi sấy nông sản... 
- Hạn chế: lượng mưa phân bố không đều vào các tháng trong năm dẫn đến tình trạng mùa khô thiếu nước cho sinh hoạt và sản xuất; ngược lại về mùa mưa lượng mưa chiếm trên 80% lượng mưa của cả năm, thời gian mưa ngắn, cường độ mưa lớn gây ngập úng cục bộ, phá hủy mùa màng, hư hại công trình xây dựng...Nhiệt độ cao, một số ngày nhiệt độ lên đến gần 400C ảnh hưởng đến sức khỏe, khô héo cây trồng...
1.4. Thuỷ văn 
Do đặc điểm địa hình của xã nên không có các hệ thống sông suối lớn. Nguồn nước tưới chủ yếu là hồ Suối Lớn được tích từ các suối nhỏ chảy xuồng và một phần sử dụng nước tự chảy của các mương rừng điều tiết nước cho sản xuất và sinh hoạt.
Vùng ven biển chịu ảnh hưởng của thuỷ triều, biên độ dao động 1,2-1,5m. Tuy nhiên, biên độ giao động này không gây ảnh hưởng đến sinh hoạt cũng như sản xuất, nuôi trồng thuỷ sản.